La TVA sur marge est appliquée dans l'automobile dans 2 cas:

La vente de véhicule d'occasion:

Si le prix d'achat est en TTC alors elle est calculée sur la marge réelle + frais HT

Si le prix d'achat est HT,  la base correspondra à totalité de la vente.

Pièces de réemploi

La TVA sur marge est également appliquée pour les pièces d'occasion : http://bofip.impots.gouv.fr/bofip/1280-PGP.html

Les garages ont maintenant l'obligation de proposer des pièces de réemploi (occasion) : https://www.service-public.fr/professionnels-entreprises/actualites/A10611

Texte de loi : https://www.legifrance.gouv.fr/affichTexte.do?cidTexte=JORFTEXT000032610837